iDeCoの年末調整が間に合わない！所得控除を受けるための対処法

老後に備えて個人型確定拠出年金（iDeCo）を始める人が増えています。iDeCoの掛金も年末調整で申告すると税金が安くなりますが、掛金の払込証明が遅れて年末調整に間に合わなかった人もいるでしょう。

今回の記事では、年末調整に間に合わなかったとき、iDeCoの所得控除を受けるための方法を中心に解説します。所得控除によってどれだけ税金が安くなるかも紹介しますので参考にしてください。

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iDeCoの所得控除｜所得控除の種類と方法

iDeCoで支払った掛金は、所得控除され税金が安くなります。まずは、iDeCoの掛金に対する所得控除の内容と所得控除を受けるための方法について説明します。

iDeCoの掛金は所得控除される

所得控除には、基礎控除や配偶者控除のように所定の金額が控除されるものと、医療費控除や生命保険料控除のように実際に支払った費用や掛金の一定割合（一部または全額）が控除されるものがあります。

iDeCoの掛金に対する所得控除の特徴は以下のとおりです。

• 「小規模企業共済等掛金控除」の対象となる
• 掛金の全額が所得控除される

医療費や生命保険料は支払った費用や掛金の一部のみが所得控除されるのに対し、iDeCoの掛金は全額所得控除されるので節税効果はより大きくなります。

参考：国税庁「小規模企業共済等掛金控除」

会社員が所得控除を受けるには年末調整で手続き

iDeCoの掛金について所得控除を受けるには、どのような手続きが必要なのでしょう。会社員と自営業者では手続きが異なります。

• 会社員：年末調整（生命保険料控除などと同時に手続き）
• 自営業者など：確定申告

年末調整では、掛金の支払いを証明する「小規模企業共済等掛金払込証明書」を会社へ提出することが必要です。しかし、各種控除後の税金計算や税務署への届けなどは会社がしてくれるので、確定申告と比べると手続きは楽に済みます。

関連記事：
iDeCoで手取りが増やせる！税金対策の仕組みと注意すべき4つのポイントを解説

iDeCoの年末調整が間に合わなかった場合の対処法

前述の通り、会社員は年末調整によってiDeCoの掛金の所得控除を受けられます。しかし、年末調整が間に合わなかった場合は、どうすればいいのでしょう。

iDeCoの年末調整が間に合わなかった場合の対処法について説明します。

iDeCoの年末調整が間に合わないケース

iDeCoの年末調整が間に合わないのは、次のようなケースです。

• 「小規模企業共済等掛金払込証明書」の提出が遅れた場合
• 「小規模企業共済等掛金払込証明書」を紛失し再発行に時間がかかった場合
• 年末調整のときiDeCoの掛金について申告するのを忘れた場合　など

「小規模企業共済等掛金払込証明書」は国民年金基金連合会から送付されますが、iDeCoの掛金の払込時期によって発送される時期が異なります。毎月定額で掛金を拠出する方の場合、以下のようになります。

• 2020年9月までに払込実績がある：2020年10月下旬ごろ発送（10月～12月の掛金は予想額）
• 2020年10月以降に初回払込実績がある：2初回払込実績のあった月の翌月下旬ごろに発送

2020年9月までに加入していた人は年末調整に間に合いますが、それ以降に加入した人は間に合いません。また、紛失して再発行した場合もタイミングによっては間に合わないことがあるでしょう。

「小規模企業共済等掛金払込証明書」の再発行について

再発行手続きは、iDeCoで利用している金融機関を経由して国民年金基金連合会宛に「小規模企業共済等掛金払込証明書再発行申請書」を提出します。再発行には受付後10営業日程度かかります。

間に合わないときは確定申告

「小規模企業共済等掛金払込証明書」の送付が遅れたなどの理由で、iDeCoの掛金の申告が年末調整に間に合わなかった場合はどうすればいいでしょう。

年末調整に間に合わない場合は、確定申告によって所得控除を受けられます。医療費控除は年末調整で申告できないので確定申告しますが、年末調整できなかったものも確定申告できるのです。

源泉徴収によって納めすぎた税金を確定申告によって還付を受けることを「還付申告」といいますが、還付申告は対象になる年の翌年1月1日から5年間できます。もし、5年以内にiDeCoの申告漏れがあれば今からでも確定申告して還付を受けることができます。

参考：国税庁「還付申告」

また、申告は税務署への確定申告だけで、住民税の軽減を受けるための居住する地方自治体への申告は不要です。確定申告をすると申告内容は税務署から地方自治体に伝達されるので地方自治体の窓口で住民税の申告をする必要はありません。

確定申告の方法

確定申告は税務署で手続きをするほか、パソコンやスマートフォンを使った電子申請も可能です。
税務署での手続きに必要なおもな書類は以下のとおりです。

• 源泉徴収票
• 小規模企業共済等掛金払込証明書
• マイナンバーカード（または通知カードなどマイナンバーがわかるもの）
• マイナンバーカードがなければ本人確認書類（免許証、パスポートなど）

確定申告書は税務署で手に入れる方法もありますが、国税庁のHPでダウンロードもできます。

参考：国税庁「国税庁 確定申告書等作成コーナー」

電子申請により確定申告する場合は以下のページを参照ください。

参考：国税庁「確定申告を行う」

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関連記事：
年末調整に間に合わないときはどうするべき？放置した場合は損になることも！

間に合わないとき確定申告するメリット

確定申告は手間がかかるため、年末調整に間に合わないと所得控除を諦める人もいるかも知れません。しかし、納めすぎた所得税が確実に戻ってくるだけでなく住民税も安くなります。

税金の負担が抑えられる

iDeCoの確定申告によってどれだけ税金が安くなるか、具体的にみてみましょう。

課税所得金額別・掛金月額別の節税額

参考：中小企業基盤整備機構「小規模企業共済・掛金について」

掛金によっては10万円前後の節税になるので、多少の手間がかかっても、しっかり確定申告をしましょう。

ただし、掛金には加入者によって次の上限が設けられています。

• 自営業者など：月額6.8万円
• 会社員など：月額1.2万円～2.3万円（勤務先の企業年金制度による）
• 専業主婦など：月額2.3万円

節税額の詳細やその他の節税メリットについては、以下の記事をご覧ください。

関連記事：
確定拠出年金は節税になる！？iDeCoの3つの節税効果と注意点を徹底解説

住民税が安くなる

税金が安くなるのは、申告年度の所得税や住民税だけではありません。

住民税の税額は前年度の課税所得に応じて決まるので、確定申告によって課税所得が小さくなれば、翌年の住民税も安くなります。

まとめ：年末調整に間に合わないときはスマホで確定申告

iDeCoの掛金は「小規模企業共済等掛金控除」の対象となるため、申告により所得税と住民税が安くなります。

会社員は年末調整で申告するのが一般的ですが、年の後半で加入したり掛金払込の証明書を紛失したなどで年末調整に間に合わないときは確定申告すれば所得控除を受けられます。

iDeCoの掛金は全額所得控除です。全額控除にならない生命保険料控除などより節税効果が大きくなりやすいため、面倒がらずに確定申告しましょう。

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